Az  akkor az Osztrák-Magyar Monarchiához tartozó, galíciai Buczaczban (ma  Bucsacs, Ukrajna) született 1908. december 31-én. Apja, aki az  oroszországi pogromok elől menekült ide, az első világháborúban elesett.  Özvegye és gyermekei a harcok elől Bécsbe menekültek, majd a front  elvonulása után, 1917-ben hazatértek. Wiesenthal lengyel nyelvű  gimnáziumba járt, majd Prágában szerzett építészmérnöki diplomát (az  akkor Lengyelországhoz tartozó lwówi egyetemre a zsidó hallgatók számát  előíró kvóta miatt nem vették fel.) Ezután Lwówban (ma Lviv, Ukrajna)  élt és dolgozott 1941-ig, amikor a náci Németország megtámadta a  Szovjetuniót. Zsidó származása miatt több koncentrációs tábort is  megjárt, sokszor a csodával határos módon menekült meg az agyonverés,  kivégzés, éhenhalás elől. 1945. május 5-én, amikor az amerikai  páncélosok felszabadították a mauthauseni lágert, a 180 centiméter magas  Wiesenthal súlya alig 45 kilogramm volt. Felesége, akit ugyancsak  elhurcoltak, túlélte a holokausztot, de kettejük családjából csaknem  száz ember pusztult el.
 Wiesenthal a második világháború után  határozta el, hogy életét a borzalmakért felelős bűnösök felkutatásának  szenteli. Az adatgyűjtést a túlélők beszámolóival kezdte, és csaknem  száz SS-hóhér nevét gyűjtötte össze. Az amerikai hadsereg háborús  bűnöket kivizsgáló részlegénél folytatta a bizonyítékok gyűjtését, majd  egy évig az amerikai hírszerzésnek dolgozott, adatait felhasználták a  náci főbűnösöket felelősségre vonó nürnbergi perben is.
 1947-ben  Linzben hozta létre a Zsidó Történelmi Dokumentációs Központot, hogy  információkat gyűjtsön a náci háborús bűnösök pereihez. A hidegháború  éveiben azonban sem az amerikai, sem a szovjet fél nem érezte szükségét  az újabb jogi eljárásoknak, és a központ 1954-ben beszüntette működését.  Wiesenthal jótékonysági szervezeteknek dolgozott, de folytatta  kutatómunkáját is, mert úgy érezte: tartozik ezzel az áldozatok  emlékének. Új dokumentációs központját 1961-ben nyitotta meg Bécsben, a  működési költségeket jelentős részben adományokból teremtette elő.
 Állítása  szerint az ő értesülései segítettek 1960-ban az európai zsidóság  megsemmisítését irányító Adolf Eichmann nyomára bukkanni. Több nyomozás  indult az általa szolgáltatott adatok alapján, így fogták el 1963-ban az  Anne Frankot letartóztató Karl Silberbauert, valamint a treblinkai és  sobibori hóhért, Fritz Stanglt. Ő leplezte le azokat az SS-tiszteket,  akik a 150 ezres lwówi zsidóság kiirtásáért feleltek, és a majdaneki  lágerben legyilkolt több száz gyermek halálában bűnrészes Hermine  Braunsteinert is segített kézre keríteni. Az általa vezetett központ  részt vállalt a római hóhér, Erich Priebke felkutatásában is.
 Wiesenthal  működése révén mintegy háromezer háborús bűnöst állítottak bíróság elé,  archívuma 160 ezer náci gyilkos adatait tartalmazza. A legtöbb esetben ő  maga nem nyomozott, csak gyűjtötte, összesítette és elemezte az  információkat. 1977 óta Los Angelesben is működik Wiesenthal Központ és  Múzeum, ezenfelül Jeruzsálemben, Párizsban, New Yorkban, Torontóban és  Buenos Airesben is létrejöttek helyi fiókintézetek.
 Wiesenthal  2001-ben bejelentette visszavonulását, az általa alapított szervezet  azonban folytatja a munkát. Közép-Európában Utolsó esély elnevezéssel  indítottak programot a még élő háborús bűnösök felkutatására, ezt  követően bukkantak az Ausztráliában élő Zentai Károly (Charles Zentai)  nyomára, akit azzal vádoltak, hogy 1944-ben részt vett egy zsidó  fiatalember meggyilkolásában.

 Wiesenthal idős kora ellenére  2002-től haláláig még részt vett a Holokauszt Tanulmányok Bécsi  Wiesenthal Intézete (VWI) tudományos koncepciójának kidolgozásában, az  intézmény 2009 őszén kezdte meg működését.
 Munkája miatt számos  fenyegetést kapott, 1982-ben bomba robbant a házában. Kritikusai is szép  számmal akadtak, azzal is vádolták, hogy meghamisította az életrajzát,  sokan visszatetszőnek találták, hogy fél évszázados bűnökért  aggastyánokat állíttatott bíróság elé és összekülönbözött a szintén  holokauszt-túlélő, Nobel-békedíjas Elie Wiesellel is. Ő azt hangoztatta:  nem a bosszú, hanem az igazság vezérli, a bírálatokra pedig azt  válaszolta: "Nem szabad megengedni, hogy náci gyilkosok, bármilyen  öregek is, önmagukkal megbékélve haljanak meg". Hozzátette: "Azok szája  vagyok, akik már nem tudnak beszélni".
 A 2005. szeptember 20-án  Bécsben elhunyt Simon Wiesenthal életéről A gyilkosok köztünk vannak  címmel készült film. Számos könyvet adott ki életéről, tevékenységéről,  visszaemlékezéseit Az igazság malmai címmel 1989-ben írta meg.  Magyarországon a Holokauszt Dokumentációs Központ és Emlékgyűjtemény  Közalapítvány 2008 óta ítéli oda a Wiesenthal-díjat a magyarországi  holokauszt emlékének megőrzéséért végzett önkéntes, civil  tevékenységért.