Az önkormányzatot a székelyföldi románok érdekvédőjeként fellépő Méltósággal Európában Polgári Egyesület (ACDE) perelte be a székely zászló kitűzése miatt, és mind első fokon, mind másodfokon megnyerte a pert.
A másodfokon eljáró táblabíróság szerdán helyben hagyta a Hargita megyei törvényszék március végén hozott ítéletét, amelyben a törvényszék arra kötelezte az önkormányzatot, hogy "a Székely Nemzeti Tanács (SZNT) székely zászlóként ismert kék-arany színű zászlaját, amelyet Hargita megye zászlajává nyilvánítottak, távolítsa el" a Hargita Megyei Tanács épületéről, és az épületből.
A zászló eltávolításáért pereskedő egyesület vezetője, Dan Tanasa a blogján megemlítette, korábban hiába kérte Jean-Adrian Andrei prefektustól, hogy tartassa be az önkormányzattal az alkotmányt és a törvényeket, és indítson pert a tanács ellen.
Borboly Csaba, a Hargita megyei önkormányzat elnöke a megye honlapján közölt nyilatkozatában kijelentette: megvárják a jogerős ítélet indoklását, és annak elemzése után határoznak a továbbiakról. "Megyezászló kell, a törvény a mi olvasatunkban erre kötelez, ennek mentén megyünk tovább" - tette hozzá Borboly Csaba.
A Hargita Megyei Tanács 2009-ben nyilvánította először a megye zászlajává a székely zászlót. A határozatot román civil szervezetek támadták meg a bíróságon, először arra hivatkozva, hogy a jelkép diszkriminálja a románközösséget. Miután ezt a pert elvesztették, arra hivatkoztak, hogy egy megyének nem lehet saját zászlaja. Az utóbbi per végén, 2012 szeptemberében a marosvásárhelyi táblabíróság jogerősen hatályon kívül helyezte a megyezászlóról hozott tanácsi határozatot. A helyi zászlókról szóló, tavaly júniusban elfogadott törvény alapján a Hargita megyei önkormányzat 2015 decemberében ismét a székely zászlót nyilvánította a megye zászlajává.
A határozatot élesen bírálta Jean-Adrian Andrei prefektus. "Megengedhetetlen, hogy a megyei tanács határozata ne legyen tekintettel Hargita megye valamennyi lakosának az érdekére" - nyomatékosította a prefektus, aki aromán jelképeket hiányolta a lobogóról. Hozzátette, a megyezászlóról szóló határozatot egyelőre csak tervezetnek kell tekinteni. A törvény értelmében ugyanis a közigazgatási egységek által elfogadott zászló azt követően válik hivatalossá, hogy a Román Akadémia heraldikai bizottsága véleményezi, és a kormány határozatot fogad el róla.
A most kimondott bírósági határozat olyan zászlók eltávolítására kötelezi az önkormányzatot, amelyeket még 2009-ben tűztek ki.