Az egyre szaporodó családi viták miatt az élet értelmét és Istent kereső író az 1880-as évek elején egyre mélyülő válságot élt át. Ekkor kristályosodott ki sajátos hitvallása: az egyház merev és képmutató, Jézusból csak emberi voltát és tanításait fogadta el, s a négy evangéliumból megalkotta saját, "ésszerű" változatát, Tolsztoj evangéliumának hamarosan még követői is támadtak. A pravoszláv egyház nem nézte jó szemmel tevékenységét, 1901-ben ki is közösítette "eretnek" kereszténységéért.
Tolsztoj társadalmi és írói tevékenysége aktívabb lett: járta a nyomornegyedeket, kiadót alapított a népművelés szolgálatára, megírta az Ivan Iljics halálát és a Kreutzer szonátát. Családjával folytatott harca állandósult, főként mikor a köz javára lemondott birtokáról, összes vagyonáról s a szerzői jogdíjakról. Újabb válság és újabb nagyregény, a Feltámadás ezen időszak terméke.
Életének utolsó évtizedében főleg erkölcsi és közéleti problémák foglalták le energiáját. Feleségével folytatott veszekedéseik azonban egyre kilátástalanabbá váltak, így jutott arra az elhatározásra, hogy szakít addigi életvitelével, és elutazik a Dél-Oroszországban élő tolsztojánusokhoz. Lopva, éjnek idején hagyta el Jasznaja Poljanát, az egykori idill helyszínét, útközben azonban megbetegedett, és az asztapovói állomásfőnök szerény szobájában halt meg 1910. november 20-án.
Tolsztoj száz éve halt meg