A borneói törpeelefántoknak a származási helyét régóta titok fedi. Ezek az állatok az ázsiai elefántokhoz képest fél méterrel alacsonyabbak, nagyobb a fülük, hosszabb a farkuk, és kevésbé agresszívek, mint ázsiai rokonaik.
Egy új tanulmány (A borneói Elephas maximus L. eredete, Sarawak Múzeum Folyóirat) szerint nincs régészeti bizonyíték a borneói törpeelefántok hosszú távú borneói jelenlétére. A legújabb feltételezések azt is mutatják, hogy ezek az elefántok az indonéziai Jáva szigetén évszázadokkal ezelőtt kihalt alfaj utolsó leszármazottai lehetnek.
2003-ban a Columbiai Egyetem kutatói és a WWF által végrehajtott DNS-vizsgálat eredménye kizárta, hogy a borneói elefántok Szumátráról vagy Ázsia szárazföldi részéről származnának, mint a többi ázsiai alfaj – ezzel Borneó vagy Jáva maradt meg, mint lehetséges őshonos terület. Az új tanulmány szerint – amely egy régi hiedelmet erősít meg – a populáció egyedei a jávai elefánt faj utolsó túlélői lehetnek, amelyeket Sulu szultánja mentett meg véletlenül évszázadokkal ezelőtt. Az elefántokat akkoriban ugyanis hajóval szállították Ázsia- szerte, mivel ezeket ajándékozták egymásnak az uralkodók.
Ha a borneói törpeelefántok őshazája tényleg Jáva, amely a jelenlegi tartózkodási helyüktől több mint 1200 kilométerre délre található sziget, akkor ez lehet az első elefánt áthelyezés az emberiség történetében, amely sikeresnek mondható. Szakemberek szerint elméletileg elég, ha egy nemzőképes nőstény és hím megfelelően jó környezetben zavartalanul élhet, és így kevesebb, mint 300 év alatt akár 2000 fős elefántpopuláció jöhet létre. Ez a történet pedig bizonyítékul szolgál arra, hogy megtérülhetnek azon erőfeszítések, melyeket halálraítéltnek tartott, akár kis egyedszámú fajok populációjának megmentése érdekében tesznek.
Jelenleg összesen ezer elefánt élhet a borneói vadonban, legtöbbjük a malajziai Sabah-ban. A WWF műholdas vizsgálata szerint azt az alföldi területet részesítik előnyben, amelyet egyre intenzívebben tisztítanak meg kaucsuk- és pálmaolajfa ültetvények számára. Lehetséges jávai eredetük pedig még inkább védett fajjá teszi őket.
