A rendelet előírja, hogy - az egészségbiztosítási rendszer hatékonyabbá tétele érdekében - az OEP tevékenységét az Egészségügyi Minisztérium koordinálja.
A rendelet értelmében, az OEP által kidolgozott szabályozásokat, amelyek az egészségbiztosítási rendszer és az Országos Egységes Egészségügyi Alap működését hivatottak biztosítani, az Egészségügyi Minisztériumnak is jóvá kell hagynia. A szaktárca mint egészségügyi országos hatóság, felügyeli az egészségbiztosítási rendszerben a Kormány által elfogadott egészségügyi szakpolitikák gyakorlatba ültetését.
A továbbiakban az OEP a vezetőtanácsa és a szaktárca által egyaránt jóváhagyott, Kormányhatározatban rögzített saját statútum alapján folytathatja működését. Az OEP köteles az Egészségügyi Minisztérium jóváhagyását kérni a költségvetés kidolgozásakor, valamint költségvetés-kiegészítés igénylésekor, mielőtt a vonatkozó dokumentumokat benyújtaná a Pénzügyminisztériumban.